行政诉讼被告主体不当如何处理

被告主体错误，所诉被告并不存在，诉讼标的存在问题，故应当驳回原告起诉。当然，原告可以另行变更被告后再行起诉。
在诉讼过程中不允许原告变更被告，更正错误的主体为正确的被告。因为变更被告则意味着承担责任主体的彻底变化，意味着案件由一个诉讼更改为另一个诉讼，故不应允许更正错误的主体为正确的被告,原告应当另行起诉。
《行政诉讼法司法解释》
第三条规定，有下列情形之一，已经立案的，应当裁定驳回起诉：
(一)不符合行政诉讼法第四十九条规定的;
(二)超过法定起诉期限且无正当理由的;
(三)错列被告且拒绝变更的;
(四)未按照法律规定由法定代理人、指定代理人、代表人为诉讼行为的;
(五)未按照法律、法规规定先向行政机关申请复议的;
(六)重复起诉的;
(七)撤回起诉后无正当理由再行起诉的;
(八)行政行为对其合法权益明显不产生实际影响的;
(九)诉讼标的已为生效裁判所羁束的;
(十)不符合其他法定起诉条件的。
人民法院经过阅卷、调查和询问当事人，认为不需要开庭审理的，可以迳行裁定驳回起诉。
其中本条第三款规定的“错列被告且拒绝变更的”，是指法院已经确定当事人告错了，但是其拒绝更改的行为。