修改部分有效吗 双方同意后直接在合同上修改条款

合同经过双方同意进行修改能生效。修改合同的经过双方协商一致同意后，需要重新签订合同或在原合同相应条款作修改或补充，并在修改地方加盖双方公章。
【法律依据】
《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。