工程施工合同通用条款可以修改吗

可以，合同当事人在成就合同过程中，对合同的通用条款进行修改或补充，只要是合同当事人真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定的，经合同当事人确认的就是有效的合同行为。
《民法典》第四百六十五条 依法成立的合同，受法律保护。
依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。