被告主体不适格要怎么处理

只要原告起诉时，只要求被告明确，不要求被告正确。因此即使被告主体有误也不属于法院不予受理的情形，当然不得用裁定不予受理或驳回起诉，应当用判决驳回原告诉讼请求。
《民事诉讼法》
第一百一十九条起诉必须符合下列条件：
(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;
(二)有明确的被告;
(三)有具体的诉讼请求和事实、理由;
(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。