建設工程合同無效違約金條款是否還能適用

不適用。無效合同中關於違約金條款，是先有約定，違反約定纔會適用條款追究違約責任，現在約定無效了，也就不存在違約的情形。合同無效後，行爲人因該行爲取得的財產，應當予以返還；不能返還或者沒有必要返還的，應當折價補償。
《民法典》 第一百五十七條 民事法律行爲無效、被撤銷或者確定不發生效力後，行爲人因該行爲取得的財產，應當予以返還；不能返還或者沒有必要返還的，應當折價補償。有過錯的一方應當賠償對方由此所受到的損失；各方都有過錯的，應當各自承擔相應的責任。法律另有規定的，依照其規定。