无效的店铺转让合同怎么处理

可根据合同自由原则处理，当事人预先约定无效后的补偿是正确的行使合同自由的权利，应当认定为有效。因此，合同无效后如何处理，可以双方当事人自行约定。
但一方当事人可能主张合同不公正。因此需要接受公正性检验，看是否存在重大误解、显失公平、胁迫等情况。
《民法典》第一百四十八条 一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。