签了事业单位的三方协议有违约金吗

不一定。
具体违约责任要看你三方协议上的约定，一般格式文本都不会有什么严格的违约责任，除非事业单位和你有特别约定。或者你试用期期间，事业单位为了培训你支付了培训费用，那么你离职时需要补偿给事业单位相应的培训费。