总公司在分公司有股份占比吗

没有。分公司没有股东，分公司的营业执照上只有负责人。分公司归属总公司管理，在业务、资金、人事等方面受总公司管理，不具有法人资格。分公司在法律、经济上没有独立性，属于总公司的附属机构。
按照《公司法》的规定，有限责任公司或股份有限公司设立的分公司不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担。