法院能否查封被告在其他公司名下的股权吗

可以。对被执行人在其他股份有限公司中持有的股份凭证可扣押。
【法律依据】
《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定》规定：对被执行人在其他股份有限公司中持有的股份凭证（股票），人民法院可以扣押，并强制被执行人按照公司法的有关规定转让，也可以直接采取拍卖、变卖的方式进行处分，或直接将股票抵偿给债权人，用于清偿被执行人的债务。