企业合并协议是否应交印花税

应该交。书面订立经济活动和经济交往相关的协议、合同及相关凭证，都应当缴纳印花税。
《中华人民共和国印花税暂行条例》
第一条：在中华人民共和国境内书立、领受本条例所列举凭证的单位和个人，都是印花税的纳税义务人，应当按照本条例规定缴纳印花税。
第二条：下列凭证为应纳税凭证:
(一)购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证;
(二)产权转移书据;
(三)营业账簿;
(四)权利、许可证照;
(五)经财政部确定征税的其他凭证。