建筑工程纠纷双方约定管辖法院会有效吗

有效。
建设工程合同纠纷一般由合同约定的履行法院管辖，但合同没有约定时，由发包人接受图纸所在地人民法院管辖。
如果没有约定的就要按照法律的规定法院管辖进行诉讼。
【法律依据】
根据《民事诉讼法》第23条规定：因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。