土地使用年期40年到期了该怎么处理

商铺40年土地使用年限到期后,土地使用者向土地管理部门提交续期申请书，除根据社会公共利益需要收回的,应当予以批准。
获得批准续期的，重新签订土地有偿使用合同,支付土地有偿使用费。

法律依据

《民法典》第三百五十九条
住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期。续期费用的缴纳或者减免，依照法律、行政法规的规定办理。
非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋以及其他不动产的归属，有约定的，按照约定;没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。