備案合同外另行簽訂實質性內容不同的合同怎麼認定

未備案的合同不應認定爲黑合同。
因爲備案與否並非合同生效的條件，當事人簽訂的合同儘管與備案的合同有實質性內容的不同，但並非不能作爲結算的依據。
此處對合同的認定，應以該合同是否違反法律禁止性規定，是否體現當事人真實意思表示進行判斷。
【法律依據】《民法典》第510條：合同生效後，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充；不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。