自诉案件能否申请非法证据排除

不管公诉案件还是自诉案件，都可以适用非法证据排除的相关规定；如果你说的情况下，证人证言间存在实质性冲突，且侦查机关无法补正或者说明，那么该证言相应的部分应予排除。在民事诉讼活动中，证人若非民事诉讼法第七十三条规定的经人民法院许可的特殊情形，证人不到庭，证言不能作为证据采纳。刑事诉讼活动中，证人不到庭，其证言经过公诉人、被害人和被告人、辩护人质证并经查实可以作为定案依据。

《民事诉讼法》

第七十三条

经人民法院通知，证人应当出庭作证。有下列情形之一的，经人民法院许可，可以通过书面证言、视听传输技术或者视听资料等方式作证：（一）因健康原因不能出庭的；（二）因路途遥远，交通不便不能出庭的；（三）因自然灾害等不可抗力不能出庭的；（四）其他有正当理由不能出庭的。刑事诉讼法第五十九条 证人证言必须在法庭上经过公诉人、被害人和被告人、辩护人双方质证并且查实以后，才能作为定案的根据。法庭查明证人有意作伪证或者隐匿罪证的时候，应当依法处理。