代为偿还土地出让款的还款协议是否有效

要看第三人是否取得债务人的授权。如已取得债务人授权（需要书面授权），则该还款协议可视为债务人自己真实意志的表示，还款协议有效。如果还款协议中还规定第三人承担债务人还款的担保人，第三人在债务人不能还款的情况下，由第三人承担代偿责任。
《土地管理法》第三十一条　县级以上地方人民政府可以要求占用耕地的单位将所占用耕地耕作层的土壤用于新开垦耕地、劣质地或者其他耕地的土壤改良。