只有合同专用章的合同有效吗

有效。公司合同专用章与公司公章在同签署的效力方面没有差异，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：
第一：是因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。第一、二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。
第二：用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。
所以只有合同专用章的合同是有效合同专用章、行政章等都能作为合同章，所以合同是有效的。
《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。