建筑工程内部承包协议是否专属管辖

是。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条规定，民事诉讼法第三十三条第一项规定的不动产纠纷是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。