船舶在出境或入境过程中可以隐瞒疫情吗

不可以。
船舶所有人、经营人、船长等均不得隐瞒疫情，否则将面临行政处罚。
《国境卫生检疫法实施细则》第十五条：在国境口岸以及停留在国境口岸的交通工具上，发现检疫传染病、疑似检疫传染病，或者有人非因意外伤害而死亡并死因不明时，国境口岸有关单位以及交通工具的负责人，应当立即向卫生检疫机关报告。
《国境卫生检疫法实施细则》第一百零九条　《国境卫生检疫法》和本细则所规定的应当受行政处罚的行为是指：
（一）应当受入境检疫的船舶，不悬挂检疫信号的；
（二）入境、出境的交通工具，在入境检疫之前或者在出境检疫之后，擅自上下人员，装卸行李、货物、邮包等物品的；
（三）拒绝接受检疫或者抵制卫生监督，拒不接受卫生处理的；
（四）伪造或者涂改检疫单、证、不如实申报疫情的；
（五）瞒报携带禁止进口的微生物、人体组织、生物制品、血液及其制品或者其他可能引起传染病传播的动物和物品的；
（六）未经检疫的入境、出境交通工具，擅自离开检疫地点，逃避查验的；
（七）隐瞒疫情或者伪造情节的；
（八）未经卫生检疫机关实施卫生处理，擅自排放压舱水，移下垃圾、污物等控制的物品的；
（九）未经卫生检疫机关实施卫生处理，擅自移运尸体、骸骨的；
（十）废旧物品、废旧交通工具，未向卫生检疫机关申报，未经卫生检疫机关实施卫生处理和签发卫生检疫证书而擅自入境、出境或者使用、拆卸的；
（十一）未经卫生检疫机关检查，从交通工具上移下传染病病人造成传染病传播危险的。
《国境卫生检疫法实施细则》第第一百一十条　具有本细则第一百零九条所列第（一）至第（五）项行为的，处以警告或者100元以上5000元以下的罚款；
具有本细则第一百零九条所列第（六）至第（九）项行为的，处以1000元以上1万元以下的罚款；
具有本细则第一百零九条所列第（十）、第（十一）项行为的，处以5000元以上3万元以下的罚款。