民事被告被羁押如何启动诉讼程序

视具体情况而定。如果刑事案件对民事案件有影响的，等刑事案件裁判后再审理民事案件;如果是由刑事案件引起的民事案件，符合条件可以提起附带民事诉讼。如果刑事案件对民事案件没有影响的，可以直接审理民事案件，不用等刑事案件的裁判。
《中华人民共和国民事诉法》第一百二十三条人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人;不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理;原告对裁定不服的，可以提起上诉。
第一百二十四条人民法院对下列起诉，分别情形，予以处理：
(一)依照行政诉讼法的规定，属于行政诉讼受案范围的，告知原告提起行政诉讼;
(二)依照法律规定，双方当事人达成书面仲裁协议申请仲裁、不得向人民法院起诉的，告知原告向仲裁机构申请仲裁;
(三)依照法律规定，应当由其他机关处理的争议，告知原告向有关机关申请解决;
(四)对不属于本院管辖的案件，告知原告向有管辖权的人民法院起诉;
(五)对判决、裁定、调解书已经发生法律效力的案件，当事人又起诉的，告知原告申请再审，但人民法院准许撤诉的裁定除外;
(六)依照法律规定，在一定期限内不得起诉的案件，在不得起诉的期限内起诉的，不予受理;
(七)判决不准离婚和调解和好的离婚案件，判决、调解维持收养关系的案件，没有新情况、新理由，原告在六个月内又起诉的，不予受理。