只有合同專用章的合同有效嗎

有效。公司合同專用章與公司公章在同簽署的效力方面沒有差異，公司之所以在公章之外，還另行刻制合同專用章，主要原因如下：
第一：是因為公司公章與公司合同專用章在使用與管理上存在區別。第一、二者的管理部門不同。公司合同專用章的管理部門一般為法律部門，公司公章的管理部門一般為公司的綜合管理部門。
第二：用途範圍及效力不同。公司合同專用章專用於合同的簽訂，其效力僅限於合同簽訂。
所以只有合同專用章的合同是有效合同專用章、行政章等都能作為合同章，所以合同是有效的。
《民法典》第四百九十條，當事人採用合同書形式訂立合同的，自當事人均簽名、蓋章或者按指印時合同成立。在簽名、蓋章或者按指印之前，當事人一方已經履行主要義務，對方接受時，該合同成立。
法律、行政法規規定或者當事人約定合同應當採用書面形式訂立，當事人未採用書面形式但是一方已經履行主要義務，對方接受時，該合同成立。