摩托車違章會扣分嗎

會扣分。
現在都是兩證合一,一本駕照不管是摩托車還是汽車違規都扣一本的分,摩托扣分就是扣得駕照分。 如果摩托車違章扣分了,不會影響考駕照,但是你買新汽車上牌時,如果摩托車的車主名字與你汽車的車主名字一致的話,就會影響上牌,要先把摩托車的違章消掉才行。
法律依據：《道路交通安全法》第八十九條
行人、乘車人、非機動車駕駛人違反道路交通安全法律、法規關於道路通行規定的，處警告或者五元以上五十元以下罰款；非機動車駕駛人拒絕接受罰款處罰的，可以扣留其非機動車。