股權轉讓協議和工商登記不符如何處理

這種情況，股權轉讓協議的效力應具體分析：
第一，若是轉讓方不願意爲股權轉讓溢價繳納財產所得稅而簽訂的《股權轉讓協議》應當認定無效。
第二，若工商局不接受複雜的《股權轉讓協議》或者是必須使用工商局提供的格式文字，應當以雙方實際履行的《股權轉讓協議》爲真實意思表示。
【法律依據】
《民法典》
第一百四十六條
行爲人與相對人以虛假的意思表示實施的民事法律行爲無效。以虛假的意思表示隱藏的民事法律行爲的效力，依照有關法律規定處理。