三方协议签了档案怎么办

看具体情况。三方协议上面有填写档案的去留地方，如果公司有档案保存权，则可以填写转到公司，那么档案会转去公司；如公司没有档案保存权，则可以和公司协商转去公司所在地的人才市场；如实在不想转去单位也可以打回原籍自行处理。
《民典法》第四百六十九条 当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。
第四百七十条 合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。