交警扣农用车合法吗

只要农机驾驶员有违章行为，交警是可以拦下并暂扣农机驾驶证的。虽然农机驾驶证的发放是不是交警部门，但交警部门是有权管理农机驾驶员的违章行为的。
拖拉机驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，农机监理机构接到公安机关交通管理部门通报后，应当通知拖拉机驾驶人在15日内到拖拉机驾驶证核发地农机监理机构接受为期7日的道路交通安全法律、法规和相关知识的教育。拖拉机驾驶人接受教育后，农机监理机构应当在20日内对其进行科目一考试。
拖拉机驾驶人在一个记分周期内两次以上达到12分的,农机监理机构还应当在科目一考试合格后10日内对其进行科目四考试。

法律依据：中华人民共和国道路交通安全法 第九十五条

上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，未放置检验合格标志、保险标志，或者未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应当扣留机动车，通知当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续，并可以依照本法第九十条的规定予以处罚。当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续的，应当及时退还机动车。