使用农村宅地基可以办土地使用证吗

可以。
农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
《中华人民共和国土地管理法》
第八条城市市区的土地属于国家所有。
农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有;宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。
第九条国有土地和农民集体所有的土地，可以依法确定给单位或者个人使用。使用土地的单位和个人，有保护、管理和合理利用土地的义务。
第十条农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理;已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理;已经属于乡(镇)农民集体所有的，由乡(镇)农村集体经济组织经营、管理。
第十一条农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。