畜牧业强拆应该咨询哪个部门

畜牧业强拆应该咨询国土局或者规划局。一般认为在农用地上建养殖场的无证建筑并不一定是违法建筑，也不应该按照违法建筑强制拆除不予补偿。
《城市房屋拆迁管理条例》第三十三条：因拆迁非住宅房屋造成停产、停业的，拆迁人应当给予适当补偿。