特殊房屋拆迁纠纷案如何处理

结合具体情况处理。在我国对于拆迁合同协议纠纷案件的纠纷处理有这些：依照《条例》规定，被拆迁人享有实行房屋产权调换的权利。
实践中，大部分的拆迁安置合同都对新建安置用房的产权进行了约定。
在处理双方因安置房产权发生纠纷时，合同有约定的，应按合同约定处理，但合同对新建安置用房没有产权约定的，应按拆迁时的法规处理。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。