合伙开店营业执照写个人名字会吃亏吗

不存在吃亏的说法。
营业执照上的负责人只能写一个人的名字，两个人的合伙投资关系可以以双方的协议规定，即使营业执照未体现名字的一方依照协议同样享有权利和承担责任的义务。
《个体工商户条例》第八条