軍人拘留還會留在部隊嗎

不會。如果現役軍人是在地方作案，派出所有權拘留現役軍人，並將其移交其所在部隊保衞部門處理。如果是軍隊內部的，派出所則無權力拘留。
關於派出所拘留現役軍人的法律依據：《公安機關辦理刑事案件程序規定》規定：第十四條根據刑事訴訟法的規定，刑事案件由公安機關管轄，但下列刑事案件除外：
（1）貪污賄賂犯罪，國家工作人員的瀆職犯罪，國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查的侵犯公民人身權利的犯罪以及侵犯公民民主權利的犯罪案件，經省級以上人民檢察院決定立案偵查的國家機關工作人員利用職權實施的其他重大的犯罪案件。
（2）自訴案件，但對人民法院直接受理的被害人有證據證明的輕微刑事案件，因證據不足駁回起訴，人民法院移送公安機關或者被害人向公安機關控告的，公安機關應當受理；被害人直接向公安機關控告的，公安機關應當受理。