仲裁機構是否能夠確認無爭議合同的效力

能。依據我國相關法律的規定，仲裁庭有權確認合同的效力，所以，仲裁是可以確認無爭議合同的效力的，並且仲裁協議是獨立存在的，合同就更不影響仲裁協議的效力。
《中華人民共和國仲裁法》第十九條