公司拿到工程款如何繳稅

視情況而定：
其一，非跨省工程的分包，由扣繳人在工程所在地代扣代繳；
其二，跨省工程的分包，由扣繳人在扣繳人的機構所在地代扣代繳;如果分包人將工程再一次分包出去，有一段工程仍是跨省工程，該段跨省工程的營業稅亦由總承包人在其機構所在地代扣代繳。
《稅務徵收管理法實施細則》第三十條規定，稅務機關應當建立、健全納稅人自行申報納稅制度。納稅人、扣繳義務人可以採取郵寄、數據電文方式辦理納稅申報或者報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表。數據電文方式，是指稅務機關確定的電話語音、電子數據交換和網絡傳輸等電子方式。