协议一份合法吗

合法。合同份数由双方约定。但是不持有原件的一方会承担一定的法律风险。
法律依据：
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六十九条：下列证据不能单独作为认定案件事实的依据：无法与原件、原物核对的复制件或者复制品。
也就是说，没拿原件的人，发生纠纷后会出现举证困难的情况。