自然人股东的股权转让公司缴税吗

要，双方就转让金额分别缴纳0.05%的印花税；如果是溢价转让，转让方以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。
《中华人民共和国公司法》第一百三十七条
《中华人民共和国公司法》第一百四十一条